Zunächst werden die ersten Hinweise von einer Sondereinheit des Amtes geprüft, analysiert und bewertet. Auf der Grundlage dieser Vorabbewertung trifft der Generaldirektor eine Entscheidung über die Einleitung einer Untersuchung und weist den betreffenden Fall gegebenenfalls den Ermittlern zu.
Die internen Ermittler prüfen die ausgewählten Unterlagen objektiv und ohne Berücksichtigung der Vorabbewertung. Sie sammeln Beweismittel zur Feststellung der Tatsachen und erstellen dann einen ausführlichen Bericht. Sie können entweder Schuld oder Unschuld des Verdächtigen nachweisen und/oder feststellen, welche Verantwortung der von der Untersuchung Betroffene nach Maßgabe seiner Funktion trug.
Zu diesem Zweck sammeln und analysieren sie alle verfügbaren Unterlagen und Angaben und befragen Zeugen und potenzielle Verdächtige. Im Rahmen von Untersuchungen in Bezug auf EU-Bedienstete können auch Besuche in den Amtsräumen der europäischen Einrichtungen und Kontrollen bei Wirtschaftsteilnehmern durchgeführt werden.
Das OLAF erfüllt seine Pflichten auf integre, unparteiliche und professionelle Weise unter Einhaltung der Grundrechte und -freiheiten natürlicher und juristischer Personen im Einklang mit den Pflichtbestimmungender EU-Grundrechtecharta. Seine Untersuchungseinheiten setzen sich aus Ermittlern, Juristen, Analysten und Spezialisten mit unterschiedlichstem fachlichen Hintergrund zusammen – Steuerprüfer, Rechnungsprüfer, Informatiker, ehemalige Armeeangehörige, Buchhalter, Revisoren, Juristen, Wirtschaftswissenschaftler, ehemalige Zoll- Justiz- und Polizeibeamte sowie Staatsanwälte –, auf die für Untersuchungen zurückgegriffen wird.